Hemodiyaliz su arıtma sisteminin tasarımı oldukça karmaşıktır ve su kalitesinin standartlara uygun olduğundan emin olmak için birden fazla arıtma aşaması gerektirir. Ana adımlar arasında ham su ön arıtma, RO arıtma, saf su depolama ve dağıtımı ve son izleme ve kontrol yer alır.

Kimyasal dezenfektanların, termal döngülerin ve diğer dezenfeksiyon yöntemlerinin düzenli kullanımı sayesinde diyaliz su arıtma sistemindeki bakteri ve mikroorganizmalar etkili bir şekilde öldürülebilir ve su kalitesi güvenli ve saf tutulabilir.