EDI sistemine su girdiğinde ve bir elektrik akımı uygulandığında, sudaki katyonlar ve anyonlar ilgili elektrotlara çekilerek uzaklaştırılır. Bu işlem kimyasal reaktifler gerektirmez ve su kaynaklarını etkili bir şekilde arıtıp yüksek kalitede su sağlayabilir.