Yeraltı suyunun kalitesi coğrafi çevre, toprak yapısı, kaya bileşimi ve insan faaliyetlerinden etkilenir. Örneğin, bazı bölgelerdeki yeraltı suyu yüksek konsantrasyonlarda demir, manganez, sülfür veya yüksek sertlik içerebilir ve bu da sarı su, koku, kireçlenme ve diğer sorunlara neden olabilir.