1. Enerji bağımlılığı 2. Yüksek ilk yatırım maliyeti 3. Membran kirlenmesi ve korozyonu 4. Güneş enerjisiyle tuzdan arındırma sistemlerinin su üretim maliyeti daha yüksek olabilir 5. Güneş enerjisiyle tuzdan arındırma tesisinin yerel su kaynakları üzerinde belirli etkileri olabilir