Hemodiyaliz su arıtma sisteminin tasarımı oldukça karmaşıktır ve su kalitesinin standartlara uygun olduğundan emin olmak için birden fazla arıtma aşaması gerektirir. Ana adımlar arasında ham su ön arıtma, RO arıtma, saf su depolama ve dağıtımı ve son izleme ve kontrol yer alır.