Konteyner su arıtma sistemlerinin kapasitesi ve işleme kapasitesi bir diğer önemli faktördür. Gerçek ihtiyaçlarınıza göre doğru boyutta bir sistem seçmeniz gerekir. İşleme kapasitesi genellikle saatte veya günde işlenen su miktarı cinsinden ölçülür.