Kuyu suyundaki farklı kirleticilerin özelliklerine göre filtreleme etkisi, maliyet ve bakım kolaylığı dikkate alındığında bu yöntemler kuyu suyu filtrasyonunda en iyi yöntemler olarak kabul edilmektedir. 1. Çok aşamalı filtreleme sistemi 2. Biyokum filtresi 3. İyon değiştirme filtresi