Çevreciler, deniz suyunu tuzdan arındırma projelerinin yerel balıkçılık ve deniz ekosistemleri üzerinde olumsuz etkileri olabileceğinden endişe ediyor. Deniz suyunu tuzdan arındırma tesisleri deniz yaşamını, özellikle de balık larvalarını soluyarak balıkçılık kaynaklarına zarar verebilir. Ayrıca, deniz suyunun tuzdan arındırılması işlemi sırasında atık su ve tuzlu su deşarj edilerek deniz ekosisteminin kirlenmesine ve bozulmasına neden olabilir.

Bu makale tuzdan arındırma sürecinin teknoloji, enerji, ölçek ve diğer hususlar dahil olmak üzere maliyet yapısını analiz etmektedir. Mevcut maliyetler nispeten yüksek olmasına rağmen teknolojik yenilik, ölçek ekonomisi ve bakım yönetimindeki ilerleme, maliyetleri kademeli olarak azaltacaktır.