Deniz suyunun tuzdan arındırılmasından sonraki tuz arıtma işleminin çevre üzerinde belirli bir etkisi olabilir. Örneğin tuz boşaltma süreci deniz ekosisteminin dengesini etkileyebilir ve çevredeki deniz alanlarındaki organizmalar ve bitkiler üzerinde belirli bir etkiye sahip olabilir. Bu nedenle deniz suyu tuzdan arındırma tesislerinin, tuz emisyonlarının çevre üzerindeki etkisini azaltmak için uygun önlemleri alması gerekmektedir.